Størstedelen af Baldersbæk Plantager er karakteriseret ved fredede og naturbeskyttede arealer. Fredningen af Holme Ådalen blev gennemført ved overfredningnævnet i 1978 og har til formål - ud fra såvel naturhistoriske som rekreative hensyn - at skabe en særlig beskyttelse for ådalen. Arealerne skal i princippet bevares som på fredningstidspunktet. Det betyder, at der forbud mod yderligere tilplantning og opdyrkning, samt mod regulering eller ændring af naturlige vandløb.  Foranstaltninger, der kan virke skadelige på det naturlige plante- og dyreliv, er ikke tilladt. Ligeledes må terrænformerne ikke ændres.

Udover fredningen er dele af området naturbeskyttede arealer. Således er dammene, vandløb, enge og moserne beskyttede mod tilstandsændringer af Naturbeskyttelseslovens § 3. Herudover har Vejen Kommune udpeget området som et særligt naturområde med et værdifuldt og større uforstyrret landskab.

Naturområderne øst for dammene er tillige i Naturkvalitetsplanen højt værdisatte, fordi området indeholder veludviklede ekstremfattigkær. Endelig er området omkring dammene pålagt fredsskovspligt.

Inden restaureringen var området omkring søerne og langs Holme Å præget af vildt krat og selvgroede træer. Derfor var det vigtigt at få området ryddet for ris, krat og vilde buske, så det atter kommer til at fremstå som et venligt og lysåbent areal. Det var vigtigt at få de gamle ege- og bøge træer samt de store gamle rododendron til at træde mere frem. Desuden skulle skrænterne synliggøres for derigennem at markere landskabes formsprog. Store arealer langs Holme Å og Baldersbækken blev ryddet så engene blev lysåbne. Efterfølgende blev engen langs Holme Å indhegnet og i dag går der kreaturer og græsser.